本宮から少し下った場所にあるのが、「結社」。
ここは、縁結びの神さまとして名高い磐長姫命（いわながひめのみこと）を祀っているそうです。磐長姫命は、妹の木花咲耶姫とともに天孫降臨の神話に登場する女神で、妹が寿命の短い花のような美しさを象徴するのに対し、磐長姫は「永遠のご縁」「変わらぬ愛」を象徴しているそうです。そのため、結社は恋愛成就・良縁・復縁を願う参拝者で常ににぎわっているそうです。
貴船神社の最奥部に位置するのが奥宮です。
ここは貴船神社発祥の地とされ、最も強いパワーが宿る聖域といわれています。奥宮の祭神は本宮と同じ「高龗神」。古代にはこの場所に「黄船」が隠されたと伝わり、境内には「船形石」と呼ばれる石が残っているそうです。
この石は神の乗り物「黄船」を象徴するとされ、触れることで浄化と再生のエネルギーを授かるといわれています。
