長崎は、戦国時代にイエズス会の教会領となり、かつて長崎市内にまつられていた諏訪・森崎・住吉の三社を、寛永2年（1625）に初代宮司青木賢清によって、西山郷円山（現在の松森神社の地）に再興、長崎の産土神としたのが始まりだそうです。さらに、慶安元年（1648）には徳川幕府より朱印地を得て、現在地に鎮西無比の荘厳な社殿が造営されたそうです。
安政4年（1857）不慮の火災に遭い、社殿のほとんどを焼失しましたが、孝明天皇の思召しにより、明治2年（1869）に約十年の歳月をかけて以前に勝る社殿が再建され、さらに、昭和59年の御鎮座360年祭、平成6年の370年祭を記念して、二度の造営を行い現在の社殿が完成されたそうです。
神社の大祭（長崎くんち 10月7・8・9日）は、絢爛豪華で異国情緒のある祭として日本三大祭の一つに数えられ、国の重要無形民俗文化財に指定されているそうです。
